به گزارش لیزنا، از این 100 مجموعه 9 مجموعه از راه خرید و بقیه به صورت اهدا بوده است. بخشی از این مجموعه ها که مشروط به نگهداری جداگانه نبوده است، پس از ضرب مهر اهدایی، در کتابخانه مرکزی مورد استفاده قرار می گیرد و بخشی دیگر، بنابر شرایط واگذاری اهداءکنندگان، در محلِ جداگانه و به نام ایشان، محفوظ است.

کتاب ها و مجله های چاپی این مجموعه ها، فهرست شده یا در دست فهرست نویسی است. مخازن این نوع مجموعه ها به صورت بسته اداره می شود و اکنون پژوهشگران مرکز و مراجعان خارج از مرکز از آن استفاده می کنند.

 یادداشت ها و مدارک و اسناد چاپ نشده کتابخانه های اختصاصی، سرنوشت دیگری دارد؛ برابر آیین نامه کتابخانه، این نوع یادداشت ها و اسناد چاپ نشده، آن اندازه که پس از بررسی و ارزش یابی، برای چاپ و انتشار مناسب تشخیص داده می شود، در یک جلد یا مجلداتی از سوی کتابخانه مرکز انتشار می یابد، تا جامعه فرهنگی از آن بهره مند شود، اما کتابخانه موظف است، برخی دیگر از اسناد و مدارک را که جنبه خانوادگی و خصوصی دارند، در جای مناسب نگاه دارد و استفاده از آن را صرفاً برای خانواده اهداء کنندگان مجاز بداند.

کتابخانه مرکز دائرة المعارف بزرگ اسلامی، نخست خود را نسبت به حفظ و صیانت این میراث فرهنگی و سپس بهره مندی محققان از آن میراث متعهد می داند.